АМУ имеет богатую и многолетнюю историю ведения успешной внешней политики. Результатами, которого являются членство в Союзе Кавказских университетов, Союзе университетов Тюркского мира, Сети университетов Черноморского региона, сотрудничество по обменным программам для студентов и сотрудников университета, научно-практическая деятельность, обучение иностранных студентов в ведущих факультетах, их участие в различных работах университета, как международного, так и местного уровня.
С началом 21 века международные связи университета стали расширяться. Примером тому являются документы, свидетельствующие о сотрудничестве с Global Source Net - Азербайджан, DAAD, FULBRIGHT, ИСЕСКО, Европейской Ассоциацией Университетов, с медицинскими факультетами египетских университетов Ain Shams и Каир, болгарским медицинским университетом Варна, поддерживались традиционные связи с образовательными центрами Турции, России и Грузии. Вышеперечисленное стало причиной принятия решения об открытие международного отдела в 2006 году. Далее был подготовлен и скоординирован проект TEMPUS под названием «Создание отдела по международным отношениям в Азербайджанском Медицинском Университете» с университетом Технологий и Медико-биологических Наук Быдгоща (Польша), Моултон Колледж и Университет Нортгемптона (Великобритания). В 2007 году был открыт отдел международных отношений.
С момента основания отдел осуществляет реализацию обменных программ, проектов, содействует в вопросах организации международных конференций, симпозиумов, семинаров, подписании контрактов с иностранными университетами и международными организациями. Способствовала сотрудничеству с такими международными организациями, как ВОЗ, ЮНИСЕФ, Международный комитет Красного Креста, USAID, Американско-Австрийский Фонд (AAF), Турецкое агентство по сотрудничеству и координации (TIKA), Международной Федерации Ассоциаций Студентов Медиков (IFMSA), а также c 55 университетами, 3 клиниками и 19 научно-исследовательскими центрами.
