Azərbaycan Tibb Universiteti uğurlu beynəlxalq əməkdaşlıq sahəsində zəngin və çoxillik tarixə malikdir. Bunun nəticəsi Qafqaz Universitetləri Birliyinə, Türk Universitetlər Birliyinə, Qara Dəniz Universitetləri Şəbəkəsinə üzvlük, universitet tələbələri və əməkdaşları üçün mübadilə proqramları üzrə əməkdaşlıq, elmi-təcrübi fəaliyyət, xarici tələbələrin qabaqcıl fakültələrdə təhsili, onların universitetin müxtəlif fəaliyyətlərində beynəlxalq və yerli səviyyədə iştirakıdır.
21-ci əsrin başlanğıcından universitetin beynəlxalq əlaqələri genişlənməyə başladı. Global Source Net – Azərbaycan, Alman Akademik Mübadilə Xidməti - DAAD, ABŞ Dövlət Departamentinin Fulbright Proqramı, ISESCO, Avropa Universitetləri Birliyi, Misirin Ain Shams və Qahirə Universitetlərinin tibb fakültələri, Bolqarıstanın Varna Tibb Universiteti ilə əməkdaşlıq haqqındakı sənədlər bunu əyani sübut edir. Həmçinin, Türkiyə, Rusiya və Gürcüstanın təhsil mərkəzləri ilə mövcud olan ənənəvi əlaqələr davam etdirildi. Yuxarıda göstərilənlər 2006-cı ildə universitetin Beynəlxalq şöbəsinin yaradılması qərarının qəbul olunmasına səbəb oldu. Bunun ardından Bıdqoşa Texnologiya və Tibbi-bioloji Elmlər Universiteti (Polşa), Moulton Kollec və Northhampton Universiteti (Böyük Britaniya) ilə birgə "Azərbaycan Tibb Universitetində Beynəlxalq əlaqələr şöbəsinin yaradılması" adlı TEMPUS layihəsi hazırlanmış və koordinasiya edilmişdir. 2007-ci ildə Beynəlxalq əlaqələr şöbəsi açılmışdır.
Yarandığı gündən bəri şöbə mübadilə proqramlarını və beynəlxalq layihələri həyata keçirir, beynəlxalq konfransların, simpoziumların, seminarların və digər müvafiq tədbirlərin təşkili məsələlərində, xarici universitetlər, tibb müəssisələri və beynəlxalq təşkilatlarla əməkdaşlıq müqavilələrinin bağlanmasında iştirak edir.
Beynəlxalq əlaqələr şöbəsi ÜST, UNICEF, Beynəlxalq Qızıl Xaç Cəmiyyəti, USAID, Amerika-Avstriya Fondu (AAF), Türk Əməkdaşlıq və Koordinasiya Agentliyi (TİKA), Beynəlxalq Tibb Tələbələri Assosiasiyaları Federasiyası (IFMSA) və s. kimi beynəlxalq təşkilatlarla, eləcə də 55 universitet, 3 klinika və 19 elmi-tədqiqat mərkəzi ilə əməkdaşlığı təmin etmişdir.
